Sistem akuaponik ini juga dikenal dengan
sistem rakit atau Deep Water Culture. Sistem akuaponik ini sangat cocok
untuk sistem dengan skala besar.
Tanaman yang dapat di tanam dalam akuaponik
jenis ini terutama jenis tanaman yang menyukai air.
Cara kerja akuaponik sistem rakit ini
adalah dengan mengapungkan tanaman dalam air. Air mengalir perlahan sehingga
akarnya terendam dan mendapatkan unsur hara.
Dalam sistem ini harus ditambahkan sistem
biofilter dan sistem penjernih air. Penambahan sistem filtrasi ini agar
endapan kotoran tidak mengganggu pertumbukan tanaman.